2065년, 지구는 과학과 기술의 발전으로 미세먼지, 대기오염, 지구온난화 등의 문제를 해결했다. 그러나 이러한 발전은 동시에 인구 폭발로 인해 자원 부족 문제를 야기했다. 이 문제를 해결하기 위해 인류는 마지막 도시라는 거대한 생태도시를 건설하였다.
26년이 지난 2091년, 마지막 도시는 여전히 그 높은 목적과 역사를 유지하고 있었다. 이러한 상황에서 인류는 새로운 문제에 직면하게 된다. 바로 외계 생명체의 침공이다.
과학자들은 외계 생명체의 특징과 정보를 수집하기 위해 탐사대를 보내지만, 해당 지역에서는 통신장애가 발생하여 탐사대와의 연락이 끊겨버린다. 그 결과, 인류는 외계 생명체의 공격을 받아 전 세계적으로 상황이 치닫기 시작한다.
한편 마지막 도시에서는, 이제 인류의 생존을 위한 선택이 이루어져야 하고, 이 선택은 마지막 도시를 지키기 위한 대처책이 필요하다. 마지막 도시는 군수력과 첨단기술을 동원하여 도시를 살려내기 위한 작전을 세운다. 이에 따라 우주선을 준비하여 외계 생명체의 공격이 많이 일어내는 지역으로 날리고, 위험한 임무를 수행하는 베테랑 우주 비행사들을 선발하여 기지를 파괴하는 기지 파괴자 작전을 전개하게 된다.
하지만, 이 작전이 모두 가능한 것일까? 마지막 도시의 사람들은 없어지기 전의 인류를 다시 돌아갈 수 있을까? 그리고 어떤 선택들이 이제 인류를 구할 수 있는지, 모두는 있다면 그 선택은 무엇일지? 스릴 넘치는 전투와 사람들의 외계 생명체와의 경쟁에서, 마지막 도시에서는 가장 혁신적인 인간들이 현지 조건을 이용해 인류를 구하는 방법을 찾아볼 것이다.
다가올 결말은 생명의 적과 인류의 망령에 대한 전략과 선언이 될 것이고, 인류는 자신들의 삶과 운명에 대한 깊은 생각을 하게 될 것이다. 그리고 마지막 도시는 이제 결국 실존에 대한 이야기가 된다.